Первое. Локальный вход в Windows - при установке это галки вход в Windows по распальцовке уже не получится, только по вставке в ридер заранее авторизованной карты:

Второе. Удаленный вход в Windows (на сервере RAS):

То же самое можно определить прямо в политике удаленного доступа:

Соответственно, на клиенте при удаленном входе в Windows:

в свойствах определяем вход по смарт-карте

или так

Третье. еще Смарт-карты применяются для поддрежки SSL-сеансов в Internet Explorer и MIME-шифрования в OUTLOOK
Во всех случаях операции получение прав в Windows'е на пользование смарт-картой осуществляется в сервере сертификатов либо через Web-интерфейс:

либо локально в оснастке управления центром сертификации

Начинать изучать все это подробнее можно с:
Первое.В основном разделе SDK:

там же про вход в Windows:

Второе.Об особенностях карточного ридера и принципах его функционирования можно почитать в DDK:

Третье.В основном талмуде Windows 2000 сервер:

и в талмуде Win 2000 Professional

)
|
|